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国际首个一串红基因组图谱发布

信息来源:admin     时间:2018-07-30     浏览: 2195次


 近日,英国牛津大学主办的科学期刊《大数据科学》在线刊登了题为《重要观赏植物一串红的高质量参考基因组组装》的研究论文,在国际上首次公布一串红基因组图谱绘制工作。

 在植物基因组学研究领域,这不仅是国际权威机构正式发布的国际首个一串红基因组图谱,也是国内首个观赏植物基因组图谱。项目由北京市园林科学研究院和北京林业大学合作完成。

 一串红(Salvia splendens)隶属唇形科鼠尾草属,是一类极具经济价值的观赏植物。其花色艳丽、适应性强、易栽培养护,在世界各地广泛应用于花坛、花境以及花海、大地景观营造等。

 该项研究对“奥运圣火”一串红的两个单株进行了PacBio Single-Molecule Real-Time(SMRT)测序,获得了808M的一串红高质量全基因组序列;采用contigs和scaffolds(2个基因组序列片段)长度分布评价指标,对一串红和已报道的其他唇形科植物薄荷、丹参基因组进行比较,结果表明,本次研究中获得的一串红基因组质量远高于其他两类唇形科植物;进化分析表明,一串红和同属鼠尾草属的传统药用植物丹参出现分化的时间,大约在2821万年前。

 同时,实验针对收集到的一串红资源进行分析,采用转录组测序技术,探讨了一串红资源呈现不同花色性状的调控机制。



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